En explorant les égouts de New York, les Bébés Ours rencontrent le maître ninja Cheddar (Dante Basco), chargé d'arrêter la bande des Bottes, menée par son ancien allié Slice (Greg Chun), qui sème le chaos dans la ville. Les Bébés Ours décident de devenir ses élèves et d'apprendre les techniques ninja, tout en devant se débrouiller avec un alligator dans les égouts.