À travers une série de retours en arrière, nous découvrons comment et pourquoi Jason Higgins a été élevé pour devenir le chef de la Première Génération et l'enfant chéri de Wayward Pines. Pendant ce temps, l'infirmière Pam refait surface et devient une menace mortelle pour la ville, tandis que Theo poursuit ses investigations sur les raisons pour lesquelles il a été choisi pour faire partie des habitants de Wayward Pines.