Alors que Theo tente de trouver un sens à sa nouvelle vie à Wayward Pines, il prend conscience de sa valeur en tant que seul chirurgien de la ville et s'en sert pour obtenir des réponses à ses nombreuses questions concernant le sort de sa femme, Rebecca, et la vérité sur la ville auprès de Jason Higgins, le chef de la Première Génération. CJ Mitchum, un habitant originaire de Wayward Pines et historien de la ville, possédant une connaissance approfondie de ses origines complexes, est la seule personne capable de créer un lien unique entre le monde actuel de Wayward Pines et le monde qu'y habitaient les humains. Pendant ce temps, Megan Fisher dirige les recherches menées sur les Abbies, Theresa recherche frénétiquement son fils, Ben, et CJ Mitchum pilote un projet vital et potentiellement mortel à l'extérieur de la clôture.