Piégé à l'extérieur de la clôture à la fin du premier épisode, Xander retourne à Wayward Pines, accompagné d'une personne inattendue qui l'aide à en apprendre davantage sur les intentions des Abbies. De son côté, Rebecca s'oppose à Megan pour aider Lucy, une jeune fille qui tente d'échapper à une tradition de Wayward Pines, et CJ mène un groupe courageux en expédition au-delà de la clôture afin d'étendre le territoire de l'humanité sur Terre, malgré les protestations de Theo.