Le docteur Theo Yedlin, nouveau résident de Wayward Pines, se réveille de son hibernation et se retrouve au cœur de cette rébellion. Il cherche à comprendre la véritable nature de Wayward Pines et à contribuer à la préservation de l'espèce humaine menacée. CJ Mitchum, un habitant de longue date de Wayward Pines et historien de la ville, possédant une connaissance approfondie de ses origines complexes, est le seul à pouvoir établir un lien unique entre le monde actuel de Wayward Pines et le monde qu'y habitaient les humains. Megan Fisher, responsable des recherches scientifiques menées sur les Abbies, reste profondément impliquée dans la formation des cœurs et des esprits de la future humanité : la « Première Génération » de Wayward Pines.