Coop se téléporte accidentellement à bord du Karrajor, le vaisseau-mère Glorft. Kiva et Jamie doivent alors apprendre à piloter Megas pour le sauver. Ils s'en sortent plutôt bien au début, mais finissent par s'écraser contre le vaisseau-mère et se font capturer, Megas inclus. Heureusement, Gorrath, imprudemment, laisse Coop récupérer la voiture. Coop se précipite alors à travers le vaisseau, déterminé à secourir ses amis et Megas. Il doit maintenant sauver tout le monde tout en mettant un terme définitif à l'invasion Glorft. Mais comment y parvenir face à la puissance colossale des méchas Glorft, qui submerge même Megas et lui arrache des pièces vitales ?