Le Skid ayant disparu et les Replikas de XANA étant devenus incontrôlables, Jérémie poursuit ses travaux sur son système multi-agents. Pendant ce temps, Aelita fait des cauchemars où son père est tué par XANA. Alors que Jérémie travaille, il est contacté par Franz Hopper, qui organise une rencontre sur Lyoko. William souhaite aider, mais tous, sauf Aelita, hésitent à lui faire confiance à nouveau. William reste au laboratoire avec Jérémie. Après leur rencontre, Franz transmet les données nécessaires à la finalisation du système multi-agents de Jérémie. Cependant, XANA n'est pas prêt à se laisser faire et active une tour pour posséder William une fois de plus, tout en envoyant le Kolossus affronter Franz. Yumi se dévirtualise volontairement et combat William tandis que les autres protègent Franz. Une fois la transmission des données terminée, Aelita et Odd se rendent au Secteur Cinq pour achever le programme. Ulrich, quant à lui, parvient à vaincre le Kolossus, mais son cadavre s'abat sur lui, le dévirtualisant instantanément. Cependant, un problème surgit : les besoins en énergie sont trop importants. Le cauchemar d'Aelita se réalise lorsque Franz fait l'ultime sacrifice pour alimenter le programme, et ce faisant, XANA est complètement anéantie. Malgré cette grande victoire, la perte de Franz Hopper les laisse bien tristes.