Afin de compenser l'absence de William, sous le contrôle de Xana, Jérémie se met à concevoir de nouveaux équipements pour ses amis et à recréer Lyoko. Pour gagner du temps, il active une tour et l'utilise pour créer un clone afin qu'il assiste aux cours à sa place. Pendant ce temps, l'absence de William attire l'attention du proviseur et de son père. Alors que le clone de Jérémie impressionne Jim à l'extérieur, William apparaît sur Lyoko et tente de prendre le contrôle de la tour. Pour maintenir son clone en vie, Jérémie puise de l'énergie dans le Secteur Cinq afin d'alimenter la tour activée. Finalement, il est à court d'énergie et la tour tombe sous le contrôle de Xana. Pendant qu'Odd retient le clone de Jérémie, Aelita, Yumi et Ulrich se rendent sur Lyoko avec de nouvelles tenues et de nouveaux pouvoirs. Ils finissent par désactiver la tour et arrêtent William, qui tente de précipiter Yumi dans la mer numérique. Elle est sauvée in extremis par Odd. Jérémie retourne alors dans le passé et remplace son clone par un clone de William afin d'éviter tout soupçon quant à son absence.