Après l'intégration de William au sein du groupe, une série d'événements ne laisse que lui et Aelita pour défendre le noyau de Lyoko. Lors de la première mission de William sur Lyoko, Xana utilise le Scyphozoa pour le posséder et faire de lui le général d'une immense armée concentrée sur le noyau de Lyoko. Malgré tous leurs efforts, le groupe ne peut empêcher William, possédé, de détruire le noyau, ce qui rend le superordinateur inutilisable et transforme William en une version plus sombre de lui-même, imprégnée par Xana. Plus tard, à l'Ermitage, tandis que le groupe rumine sa situation, Jérémie reçoit un message codé directement d'Internet, envoyé par nul autre que Franz Hopper, qui a miraculeusement survécu à la destruction de Lyoko.