Après trois semaines de vacances supplémentaires, le groupe cherche toujours un moyen de combattre X.A.N.A. Ce dernier, de son côté, tente de détruire Lyoko, les empêchant d'y parvenir. Il cible pour cela le noyau, qui contient le code maintenant le monde virtuel. Parallèlement, Odd fait chanter Jim pour qu'il demande au principal Delmas de l'inscrire dans les mêmes cours que ses amis. De plus, Yumi renonce à une relation avec Ulrich et décide qu'il vaut mieux qu'ils restent amis. Alors qu'elle défend le noyau, Aelita est soudainement dévirtualisée par l'ennemi. Cependant, elle finit toujours par retourner dans les scanners et Jeremy réalise que c'est parce qu'Aelita est entièrement humaine, tout comme le reste du groupe, et qu'elle n'a donc plus besoin du Code : Terre pour se matérialiser sur Terre.