Après avoir parcouru l'intégralité du journal de Franz Hopper, Jérémie découvre, du moins en partie, la vérité sur le superordinateur. Hopper l'a utilisé de manière intensive, au point de revivre la même journée pendant plus de sept ans. Sa santé mentale s'est dégradée au fil de cette expérience. Hopper a également révélé qu'Aelita et lui détenaient les clés de Lyoko, que Xana convoitait. Il ne lui manquait plus que sa moitié. Les clés lui permettraient de s'échapper du superordinateur. Jérémie trouve également un moyen de libérer Aelita. Il s'avère qu'Aelita n'a jamais été infectée par un virus. En réalité, Xana détenait un fragment d'elle, qui la reliait au superordinateur. Aelita refuse de partir, furieuse que Hopper lui ait ôté la vie. Elle craint également que Xana ne s'échappe. C'est pourquoi elle éteint le superordinateur. Jérémie la sauve et le groupe se rend sur Lyoko pour récupérer son fragment. Après tous leurs efforts, ils semblent y parvenir, mais il s'agit d'une illusion. Xana parvient à dévirtualiser les défenseurs d'Aelita et à lui voler sa mémoire, la tuant ainsi et s'échappant, ce qui provoque l'arrêt de Lyoko. Sa fuite permet à Franz Hopper de ranimer Aelita et Lyoko, restaurant ainsi tous les souvenirs d'Aelita. Grâce à la restauration de sa mémoire, Aelita retrouve enfin la mémoire jusqu'à son arrivée sur Lyoko. Xana étant désormais libre et Aelita ayant recouvré la mémoire, ni l'une ni l'autre ne sont liées au superordinateur. Cela signifie qu'ils pourraient l'éteindre, mais ce serait inutile. Incertain de la marche à suivre, Jérémie promet qu'ils trouveront un moyen d'arrêter Xana.