Après un nouveau voyage dans la région de Carthage et leur retour à l'école, Aelita confie à Jérémie qu'elle n'est pas humaine, ignorant que Sissi enregistre leur conversation. De plus, les données récupérées dans la région de Carthage prennent le contrôle du superordinateur et déclenchent des allers-retours temporels incessants. Jérémie découvre que ces retours dans le passé rendent X.A.N.A. beaucoup plus fort et puissant. Lors du troisième allers-retours, Xana possède Sissi grâce à ses nouveaux pouvoirs et se lance à la poursuite d'Ulrich. Le groupe doit non seulement gérer Sissi, mais aussi empêcher la poursuite de ces allers-retours.