Après avoir découvert la Région de Carthage, le groupe décide de l'explorer. Yumi est contrainte de se retirer car ses escapades nocturnes répétées sur Lyoko attirent l'attention de ses parents. Sur la Région de Carthage, Ulrich et Odd sont dématérialisés mais n'apparaissent pas dans le monde réel. Yumi s'échappe alors de la maison pour se rendre sur Lyoko et sauver Aelita des Scyphozoa, tandis que Jérémie cherche un moyen de retrouver Odd et Ulrich. Malheureusement, les parents de Yumi découvrent sa disparition et alertent l'école, qui découvre alors que les quatre autres enfants ont également disparu.