La fin de l'année approche et les recherches de Jérémie sont au point mort. Après avoir collecté des données dans la région de Carthage, le groupe prévoit d'utiliser une tour pour déchiffrer le journal de Franz Hopper. Avant la mission, Odd reçoit un message d'une mystérieuse jeune fille. En allant la rencontrer, il est attaqué par un fantôme de Xana et enfermé dans un puits de l'Ermitage. Le fantôme prend alors l'apparence d'Odd et se rend sur Lyoko à sa place. La tour activée par Xana pour créer le fantôme se désactive, plongeant Jérémie dans la confusion. Oubliant cet incident, il se lance dans le déchiffrement du journal. Peu après, le fantôme se retourne contre le groupe, dévirtualisant Yumi et chassant Ulrich de la tour, tandis que trois Tarantules arrivent pour la protéger. Au même moment, Xana tente de prendre le contrôle de la tour de Jérémie, bloquant la procédure de décodage pour les empêcher de l'abandonner. Durant le combat, Jérémie comprend la véritable nature du fantôme, et Yumi part à la recherche du véritable Odd. Après s'être révélé inefficace face à Ulrich, le fantôme se métamorphose en un clone de ce dernier. Sous cette forme, il se montre un adversaire de taille. Après un long combat, Ulrich finit par vaincre le clone, mais est rapidement mis hors de combat par une Tarentule. Alors que la tour de Jérémie semble sur le point de s'effondrer, Franz Hopper intervient et la protège. Le journal est alors entièrement décodé. Après l'avoir examiné, Jérémie révèle à Aelita qu'elle est la fille de Franz Hopper.