Kyoto, capitale des shoguns Ashikaga, est attaquée par un groupe de conspirateurs appelé les Trois Miyoshi : Sakihisa Konoe, Soukyuu Tsuda et Gousei Shoukakuin. Yoshiharu est stupéfait d'apprendre que, contrairement à l'histoire de sa ligne temporelle, le shogun Yoshiteru Ashikaga a survécu à l'attaque et a fui le Japon avec Yoshiaki, sa plus jeune sœur, qui est une fille dans cette réalité alternative. Sans membre du clan Ashikaga, Nobuna ne peut prétendre légitimement à Kyoto, mais Mitsuhide suggère de nommer Yoshimoto nouvelle shogun, car elle est apparentée aux Ashikaga. Nagamasa retourne à Owari et supplie Nobuna de l'épouser, car il ne peut rentrer chez lui tant qu'il ne l'aura pas fait. Après lui avoir promis une alliance sans conditions, Nobuna donne sa sœur « Oichi » en mariage à Nagamasa, mais « Oichi » n'est autre que Nobusumi, contrainte de se travestir en fille. Alors que l'armée d'Oda et ses alliés marchent vers l'ouest, en direction de Kyoto, après avoir vaincu les clans rivaux qui leur résistaient, Yoshiharu, Hanbē, Goemon et Inuchiyo partent en reconnaissance vers Kyoto à la recherche d'Himiko, l'impératrice du Japon. Kyoto étant plongée dans le chaos, Yoshiharu et Inuchiyo sauvent une jeune fille kidnappée par des bandits ; ils ignorent qu'il s'agit d'Himiko. Pendant ce temps, les Trois Miyoshi tentent de retrouver Himiko et de contrer la menace d'Oda en envoyant Hisahide « Danjyou » Matsunaga à sa recherche et Yoshikage Asakura, le daimyo d'Echizen, affronter l'armée d'Oda avec leur nouvel allié. Témoins de la mort et de la souffrance des habitants de la ville, Himiko, Yoshiharu et Inuchiyo viennent en aide à la missionnaire portugaise Louis Frois et à son garde du corps Bontenmaru, victimes de bandits. Himiko, dotée de pouvoirs psychiques et sachant que Yoshiharu vient du futur, apprend de Louis qu'il souhaite parcourir le pays pour venir en aide aux populations souffrantes. Elle lui demande alors si le pays se portera mieux, ce à quoi il répond par l'affirmative, précisant que Nobuna sera celui qui le sauvera. Yoshiharu et Inuchiyo sont stupéfaits par un sortilège lancé par Danjyou, mais Himiko leur sauve la vie après avoir promis à ce dernier de retourner au palais royal. Après avoir retrouvé Hanbē et Goemon, Yoshiharu renvoie Himiko chez elle, non sans avoir compris qui elle est. L'armée de Nobuna arrive enfin à Kyoto, rétablissant l'ordre dans la ville.