Le docteur Erich Rojak et sa femme Anna sont retenus prisonniers dans un laboratoire/bunker souterrain par un gouvernement ennemi totalitaire. Un autre gouvernement hostile a envoyé un assassin, Ventlos, pour tuer Rojak. Le FMI doit secourir Rojak et sa femme, détruire le missile expérimental sur lequel travaille Rojak et arrêter Ventlos. Le FMI infiltre la base et Jim y introduit un système d'identification par empreinte digitale, ignorant que Ventlos a déjà remplacé le chef de la sécurité du bunker. Jim utilise son système pour démasquer l'agent de sécurité Cinnamon, qui est emprisonnée près d'Anna. Willy s'introduit par la chaudière et libère Anna, tandis que Cinnamon prend sa place…