Anakin Skywalker et Obi-Wan Kenobi mènent les forces de la République dans une tentative pour vaincre les armées de droïdes et libérer la planète Christophsis du siège séparatiste. Lorsque la République tombe dans une embuscade et est contrainte de battre en retraite, il devient évident qu'un traître s'est infiltré parmi elle. Les Jedi, persuadés qu'il s'agit d'une opération menée par les Sith, s'aventurent derrière les lignes ennemies pour enquêter. Pendant ce temps, le capitaine Rex et le commandant Cody partent à la recherche du traître.