Tandis que Lucrèce règne sur le Vatican, Rodrigo Borgia poursuit son retrait. Il tente d'étouffer son amour pour Julia et le désir que celle-ci nourrit pour sa propre fille, désormais mariée à Alphonse de Calabre. Mais même loin de toute tentation, il lutte pour y succomber. De son côté, sa fille, une jeune femme qui accède à la régence avec sagesse et modération, qualités qui font défaut à César, exerce ce pouvoir. Ce dernier, toujours en guerre en Romagne, espère, avec un peu de chance, vaincre Caterina et tous les ennemis de la famille Borgia…