À la surprise de Lelouch, C.C., la jeune fille qui lui a conféré ses pouvoirs, est vivante et vit désormais chez lui. Suzaku, acquitté de toutes les charges, rencontre par hasard la Troisième Princesse Euphemia li Britannia et se retrouve impliqué dans une lutte intestine au sein de la faction puriste. Pendant ce temps, la Seconde Princesse Cornelia li Britannia s'efforce de prendre le contrôle de la Zone 11 en tant que vice-reine et de traduire Zero, désormais l'ennemi public numéro un de l'Empire et l'homme le plus recherché, en justice.