Les espions sont envoyés enquêter sur la chute inhabituelle de très grosses météorites à grande vitesse à travers le monde. Leur enquête les mène à une criminelle possédant la technologie permettant de « projeter » des météorites sur Terre. Les espions doivent l'arrêter, et surtout la « grosse » : une énorme météorite lancée à toute vitesse vers Los Angeles. En parallèle, Jerry, inquiet de la liberté retrouvée des espions, engage une nounou WOOHP pour les surveiller.