Sam et Alex reprochent à Clover son manque d'implication lors de leurs missions. Après avoir perdu sa trace lors de leur mission suivante, ils découvrent qu'elle a vaincu le méchant à elle seule. Soudain, Clover se comporte différemment. Ses talents d'espionne s'améliorent de jour en jour. En enquêtant, Sam et Alex découvrent que Geraldine, directrice de l'agence rivale S.P.I., a secrètement transformé Clover en super agent afin de pouvoir la recruter. Dans le dénouement, Sam et Alex affrontent la super agent Clover pour tenter de récupérer leur meilleure amie. Dans une intrigue secondaire, la vie sociale trépidante de Clover est perturbée lorsqu'elle devient super agent.