Les Tortues s'entraînent avec le Tribunal Ninja pour empêcher la résurrection de Shredder. Mais lorsque Splinter et l'Ancien expriment de sérieux doutes quant à la fiabilité du Tribunal, les Tortues sont perplexes. S'ils sont tous d'accord sur l'objectif, pourquoi ces doutes ? Pour expliquer le danger qui menace les Tortues, Splinter et l'Ancien révèlent l'histoire secrète du Tribunal… y compris la véritable origine du Shredder !