Les Tortues commencent leur entraînement auprès du mystérieux Tribunal Ninja, expérimentant de nouveaux pouvoirs et de nouvelles armes. Après avoir récupéré le premier des Artefacts Perdus du Tribunal, nos héros découvrent avec horreur que le « grand mal » qu'ils sont destinés à affronter est l'esprit emprisonné depuis longtemps du seul et unique Shredder !