Lorsque Sydney est arrêtée par le NSC, Jack et Vaughn n'ont d'autre choix que de s'allier à Sloane pour la secourir. Mais il ne leur reste que quelques heures avant qu'elle ne soit contrainte de subir une opération radicale pour recouvrer la mémoire. Ils doivent donc former une équipe d'extraction, dirigée par l'agent indépendant Brill (Richard Roundtree, « Shaft »). Pendant ce temps, Lauren est confrontée à un choix impossible : se ranger du côté du NSC, dont elle veut croire qu'il agit pour le bien, ou de celui de son mari.