En aidant Shepard à s'évader de l'asile de Bucarest, Sydney découvre le lien troublant qui l'unit à son passé. Parallèlement, après avoir traqué le virus informatique secrètement implanté par la CIA, Sloane est confrontée à Alain Christophe, représentant de l'Alliance, qui suggère qu'une ou plusieurs taupes pourraient avoir infiltré le SD-6. Will poursuit son enquête sur la femme qui prétend être la maîtresse de Danny et Sydney découvre la vérité sur l'implication de son père dans la mort de sa mère, vingt ans plus tôt.