Sydney infiltre un hôpital psychiatrique pour obtenir des informations de Shepard, un homme inconsciemment programmé pour devenir un assassin redoutable. Parallèlement, Sydney est convaincue que son père est responsable de la mort de sa mère vingt ans plus tôt. Will découvre la véritable identité de la femme qui prétendait avoir une liaison avec Danny, et Francie est soulagée d'apprendre que Charlie n'a pas de liaison. Marshall découvre le ver informatique implanté dans l'ordinateur central du SD-6 par la CIA.