Alors que le FBI retient Sydney et l'interroge sur son passé et ses liens possibles avec une mystérieuse prophétie apocalyptique de Rambaldi, Vaughn et Jack doivent se dépêcher de la libérer et de trouver un moyen de prouver son innocence avant que son identité ne soit découverte et que le SD-6 ne soit mis au courant. Une fois l'opération de sauvetage lancée, dans sa quête pour prouver son innocence, Sydney choque même son père, d'ordinaire imperturbable, en faisant une découverte glaçante qui pourrait lever le voile sur le mystère de cette prophétie vieille de 500 ans : elle trouve des preuves que les écrits de Rambaldi pourraient receler des vérités sur une prétendue arme de destruction massive, et sur le sort de sa propre famille.