Mason, Nadia et Bernard se cachent à travers l'Europe après les événements de la saison 1. Tandis que Mason est en proie à des problèmes d'identité et que Nadia fuit avec sa fille l'agent Aparna, Bernard s'allie à l'ancien agent de la CIA Hutch pour arrêter Paulo Braga. Un secret est mis au jour lorsque Nadia se retrouve face à Frank Sharpe.