Pasi riprogramojnë me sukses Skid-in, Jeremy dhe katër Luftëtarët e tjerë Lyoko zbulojnë një tjetër Replikë në Detin Dixhital të quajtur Cortex. Ata synojnë të mësojnë më shumë rreth këtij sektori misterioz, në ndryshim të vazhdueshëm. Ndërkohë, William e gjen veten të pranuar përkohësisht në grup dhe i ndihmon ata në Cortex. Aelita gjithashtu gjen diçka shumë misterioze rreth babait të saj të ndjerë në ndërfaqen e Cortex-it.