Duke shijuar jetën e tyre normale, Jeremy Belpois, Ulrich Stern, Odd Della Robbia, Yumi Ishiyama dhe Aelita Schaeffer zbulojnë shpejt se ka ende probleme që po ziejnë në Akademinë Kadic. Edhe më keq, pesë miqtë më të mirë zbulojnë se armiku i tyre i vjetër dhe më i madh virtual - sistemi i lig, i ndjeshëm dhe autonom i inteligjencës artificiale/shumë-agjentëve XANA - është disi kthyer dhe madje edhe më i fortë dhe më i rrezikshëm se kurrë më parë, si një version shumë i evoluar dhe i modifikuar i vetes. XANA tani dëshiron të marrë përsëri fuqinë e saj - kodet burimore që u implantuan në pjesët elektromagnetike të trupave të Aelita, Odd, Ulrich dhe Yumi gjatë kohës së "shkatërrimit" të supozuar të tij, në mënyrë që të fitojë përsëri kontrollin mbi rrjetin botëror. Lufta kundër XANA-s është larg përfundimit dhe pesë Luftëtarët Lyoko janë rikthyer në veprim.