Me Skid-in të zhdukur dhe Replikat e XANA-s në numër të papërballueshëm, Jeremie vazhdon punën në sistemin e tij me shumë agjentë. Ndërkohë, Aelita sheh ankthe se babai i saj është vrarë nga XANA. Ndërsa Jeremie punon, ai kontaktohet nga Franz Hopper, i cili organizon një takim mbi Lyoko-n. William dëshiron të ndihmojë, por të gjithë përveç Aelitës janë paksa të kujdesshëm për t'i besuar përsëri. William mbetet në laborator me Jeremie-n. Pasi takohen, Franz transmeton të dhënat e nevojshme për të përfunduar sistemin me shumë agjentë të Jeremie-s. Megjithatë, XANA nuk është e gatshme të dorëzohet pa luftë, duke aktivizuar një kullë për të pushtuar përsëri William-in, ndërsa dërgon Kolossus-in për t'u marrë me Franz-in. Yumi me dëshirë devirtualizohet dhe lufton me William-in ndërsa të tjerët mbrojnë Franz-in. Pasi Franz mbaron së transmetuari të dhënat, Aelita dhe Odd shkojnë në Sektorin Pesë për të përfunduar programin. Ulrich, ndërkohë, arrin ta mposhtë Kolossus-in, por kufoma e tij bie mbi Ulrich-un, duke e devirtualizuar atë menjëherë. Megjithatë, lind një problem: kërkesat për energji janë shumë të mëdha. Makthi i Aelitës realizohet kur Franz bën vetë sakrificën përfundimtare për të furnizuar me energji programin, dhe duke vepruar kështu, XANA shkatërrohet plotësisht. Megjithëse një fitore e madhe për ta, humbja e Franz Hopper i lë ata me pak arsye për të festuar.