Pasi William inicohet në grup, një seri ngjarjesh i lënë vetëm atë dhe Aelitën për të mbrojtur bërthamën e Lyoko-s. Gjatë misionit të parë të William në Lyoko, Xana përdor Skifozoa-n për ta pushtuar atë, duke e bërë atë gjeneralin e një ushtrie masive të përqendruar në bërthamën e Lyoko-s. Pavarësisht përpjekjeve të tyre më të mira, grupi nuk mund ta ndalojë William-in e pushtuar nga shkatërrimi i bërthamës, gjë që e bën superkompjuterin të padobishëm dhe e transformon William-in në një version më të errët të vetes me temë Xana-n. Më vonë, në Hermitage, ndërsa grupi mendon për gjendjen e tyre të vështirë, Jeremie merr një mesazh të koduar direkt nga interneti, të dërguar nga askush tjetër përveç Franz Hopper, i cili në një farë mënyre i mbijetoi shkatërrimit të Lyokos.