Michael dhe Nikita dërgohen në një operacion për të zbuluar se kush është një fabrikë farmaceutike në pronësi të një kompanie të quajtur Genefex dhe një furnizues i Qelizave të Kuqe që po shet një armë biologjike të quajtur Gandium. Pa dijeninë e Michael dhe Nikita, operacioni ka një objektiv dytësor, t'i japë fund një herë e përgjithmonë lidhjes së dashurisë së Michael dhe Nikitës. Pasi arrihet objektivi i misionit, Nikita dërgohet në një pjesë tjetër të uzinës, ku Madeline po pret të "riprogramojë" Nikitën për të eliminuar ndjenjat e saj për Michaelin. Ndërkohë, Operacionet më në fund bëjnë të paimagjinueshmen, ai e dërgon Walterin në "pension". Birkoff ka ide të tjera dhe menjëherë fillon të sabotojë zëvendësimin e Walterit, një djalë të ri dhe të pafajshëm me emrin Giles.