Après quarante ans d'armistice, les Cylons attaquent les Douze Colonies de Kobol. Leur stratégie : un virus implanté dans le système de défense de l'humanité. L'ancien Battlestar Galactica, en cours de transformation en musée, n'est pas connecté au système de défense et devient le seul vaisseau capable de combattre les Cylons, dans l'espoir de conduire les survivants vers la planète « Terre ».