Dans une région reculée de la galaxie se trouvent les Douze Colonies de l'Humanité, une civilisation qui vivait en paix depuis une quarantaine d'années avec un empire de machines, les Cylons. Créés des générations auparavant comme drones ouvriers au service de l'humanité, les Cylons ont pris leur indépendance, se sont révoltés et ont déclaré la guerre à leurs maîtres. Désormais, ils ont évolué vers une forme plus humaine, devenant des êtres biologiques créés par la machine, qui cherchent à exterminer les véritables humains. À cette fin, ils utilisent un scientifique humain, Gaius, pour aider l'un de leurs infiltrateurs, connu sous le nom de #6, à pénétrer le centre névralgique des Colonies…