Après avoir reprogrammé avec succès le Skid, Jeremy et les quatre autres Guerriers de Lyoko découvrent une autre Replika dans la Mer Numérique : le Cortex. Ils comptent en apprendre davantage sur ce secteur mystérieux et en perpétuelle évolution. Pendant ce temps, William est temporairement intégré au groupe et leur prête main-forte dans le Cortex. Aelita découvre également quelque chose de très mystérieux concernant son défunt père dans l'interface du Cortex.