Shao Kahn ressuscite Shang Tsung et lui confie la sphère qui contrôle les éléments (feu, vent, eau et terre). Shang Tsung est le plus apte à posséder cette sphère, car plus son maître est malveillant, plus la magie de la sphère est puissante. Le vieil ennemi du bien provoque diverses catastrophes naturelles et affaiblit Raiden. Les Guerriers de la Terre, pris au piège, sont impuissants face au Dieu du Tonnerre. Ainsi, c'est à lui qu'il revient de décider du sort du monde. Mais le bien, même affaibli, devient plus fort que le mal, renforcé par les pouvoirs de la magie. Après avoir vaincu Shang Tsung, Raiden envoie la sphère au Royaume des Ténèbres.