Le dernier plan de domination mondiale du Dr Phibes consiste à produire une immense armée de nano-clones. Chaque clone représente une facette différente de la personnalité de Phibes. Sammy et Scooby doivent relever leur défi le plus difficile à ce jour, mais ils ignorent que si Scooby ingère trop de la formule nanotechnologique, il risque fort de devenir immunisé contre ses effets. Pendant ce temps, le grand ménage de printemps de Robi sème encore plus le chaos.