Désormais doté de tous ses pouvoirs nanotechnologiques, le Dr Phibes projette de faire exploser son nouveau repaire volcanique isolé, ce qui provoquerait un hiver nucléaire et une extinction massive à travers le monde. Pendant ce temps, Sammy enfile la combinaison de super-héros de son oncle Albert et, avec Scooby, ils doivent infiltrer le repaire pour contrecarrer une fois de plus les plans diaboliques de Phibes.