Quinze mois après les événements d'Arctic Biosystems, une nouvelle équipe du CDC, renforcée par le biotoxicologue Kyle Sommer, intervient suite à une possible épidémie à bord d'un Windjammer dans le Pacifique Nord. Leurs recherches les mènent sur une île occupée par une mystérieuse secte dirigée par le charismatique Michael. Trente ans plus tard, Walker arrive sur cette même île à la recherche d'Alan Farragut.