Le Chronomètre de Longitude, un appareil qui va changer le monde, est volé au HMS Petrel par des pirates travaillant pour le légendaire Edward Teach, que l'on croyait mort depuis longtemps – plus connu sous le nom de Barbe Noire. À bord du Petrel se trouve Tom Lowe, un espion anglais infiltré comme chirurgien du navire. La mission de Lowe est d'empêcher que le Chronomètre ne tombe entre les mains des pirates… et, si l'occasion se présente, d'assassiner Barbe Noire.