Dans un centre secret roumain, Erik Heller parvient à déjouer la sécurité pour sauver la petite Hanna. Quinze ans plus tard, père et fille vivent au cœur de la forêt polonaise. Erik a fait d'Hanna une redoutable tueuse et chasseuse. Désireuse de s'épanouir au-delà des limites de son monde isolé, elle commence à s'éloigner de chez elle. Cela attire l'attention de l'agent de la CIA Marissa Wiegler, qui traque Hanna depuis sa naissance.