Encore sous le choc de sa nouvelle réalité du XXIe siècle, Ichabod Crane et la détective Abbie Mills poursuivent leur enquête pour percer les mystères qui hantent Sleepy Hollow. Une vision terrifiante de Katrina, l'ex-femme d'Ichabod, les pousse à traquer une sorcière vengeresse du XVIIIe siècle, réveillée par des forces obscures et semant la destruction dans cette paisible bourgade. Pendant ce temps, contre toute attente, l'agent Andy Brooks est de retour, engagé dans une mission pour le moins douteuse.