Dans les derniers jours de la Guerre Terrestre, Jamie et Kiva s'affairaient à désactiver le Destructeur de Noyau Glorft, tandis que Coop et les Glorft, menés comme toujours par Gorrath, se battaient pour leur survie. Cependant, Coop et Gorrath sont transportés dans une dimension miroir – suite à une combinaison de touches de manette qui a activé le Dispositif de Transdimension – où Coop rencontre son double maléfique, une version futuriste, maléfique et musclée de lui-même, un seigneur de guerre qui a vaincu les Glorft, abandonné Megas, fondé un empire et continue de tout détruire, peu importe le lieu, l'époque, la dimension ou l'ennemi. Il découvre également que Kiva est devenue un cyborg et est l'acolyte de Coop maléfique. De son côté, Jamie, dans une autre dimension, a vaincu sa lâcheté à jamais et est devenu assez fort pour tenter de vaincre Coop maléfique et son empire avec sa Résistance (et, petite précision, Jamie et Kiva étaient en couple dans le futur). Coop et Gorrath doivent cette fois-ci unir leurs forces pour arrêter Coop du miroir et l'empêcher de détruire la Terre à nouveau.