Les survivants s'interrogent sur les raisons de l'enlèvement de Charlie et Claire, et sur l'identité de leurs ravisseurs. Une équipe de recherche s'aventure dans la jungle hostile pour les retrouver. Les soupçons se portent sur Ethan Rom (William Mapother, guest-star), qui, comme on l'a récemment découvert, n'était pas à bord du vol tragique. Jack lutte contre ses démons intérieurs liés à son père, tandis que Boone et Locke découvrent un autre mystère sur l'île.