Les forces spéciales américaines capturent Mustafa Atef, soupçonné d'être un haut responsable d'Al-Qaïda ayant joué un rôle déterminant dans la formation des pirates de l'air responsables des attentats du World Trade Center et du Pentagone. En conséquence, le président convoque le premier tribunal militaire depuis plus de 50 ans. Aucun membre du JAG (Judge Advocate General) n'étant disposé à défendre l'accusé, l'amiral Chegwidden prend l'initiative de le défendre, le commandant Turner se portant volontaire pour l'assister. Harm et Mac sont chargés de l'accusation. Le tribunal se réunit à bord de l'USS Seahawk. L'état-major du JAG étant déployé sur le porte-avions, le lieutenant Singer est placée à la tête de l'administration du JAG, au grand dam d'Harriet et des autres. Le lieutenant Singer prend ensuite possession du bureau de l'amiral, organise un exercice d'incendie et, de manière générale, sème la pagaille. À bord du porte-avions, l'équipe retrouve Bud, qui, en tant que JAG de la flotte, est affecté pour assister Harm et Mac. 364.