Alors que beaucoup de choses ont changé et qu'une accalmie paisible règne ces derniers temps, les Decepticons sont ravis de revenir à l'essentiel. Bientôt, Autobot City est plongée dans le chaos et la clé de la Chambre d'énergie plasma est volée. Le combat se déplace sur Cybertron, et plus précisément devant la Chambre d'énergie plasma qui vient d'être activée. Une réaction inattendue de celle-ci, cependant, laisse plusieurs Transformers des deux camps (ainsi que Spike et Daniel) sur Nebulos. De plus grands combats les y attendent, car les Nébulons, haïssant les machines, cherchent à renverser le maléfique Seigneur Zarak et la Ruche. Le retour sur Terre est, bien sûr, reporté pour les nouveaux arrivants sur Nebulos. Cependant, la Ruche semble invincible et seule une action véritablement radicale pourrait la vaincre.