Lors de tests d'un nouvel alliage pour vaisseaux, Jessica Morgan et Gregory Swafford (qui déteste les Transformers) découvrent par hasard le vaisseau d'Optimus Prime et le sauvent. Peu après, Jessica est blessée lors d'un combat entre Protectobots, Technobots et Terrorcons, ce qui pousse son père et Gregory à fomenter une vengeance. Ils utilisent Optimus pour attirer les Autobots dans un piège, les infectant avec des spores de haine qui les rendent fous furieux. Alors que l'infection se propage, Sky Lynx part à la recherche d'un Quintesson capable de ramener Optimus à la vie.