La Porte de la Géhenne artificielle s'est complètement ouverte, plongeant le monde matériel d'Assiah dans un chaos absolu, car de nombreux humains commencent désormais à voir des démons. Au milieu de ce chaos, Yukio quitte les Chevaliers de la Vraie Croix et se dirige vers les Illuminati. Rin décide qu'il doit percer le secret de leur naissance. Guidé par Méphisto, il entreprend un voyage de quarante ans dans le passé. Rin assiste à la rencontre fatidique entre deux individus : une orpheline vivant dans une usine abandonnée nommée Yuri, et un sujet d'expérience de la Section 13 nommé Shiro.