Après sa rencontre avec Kirei Kotomine, Shirou et Rin quittent l'église et croisent un autre Maître du nom d'Illyasviel von Einzbern. Saber est contrainte d'affronter un Servant incroyablement plus puissant, nommé Berserker. Sa blessure antérieure lui cause encore de sérieux problèmes et réduit considérablement ses capacités de combat. A-t-elle seulement une chance de gagner ?